Italie 1609. Accusé de meurtre, Le Caravage a fui Rome et s'est réfugié à Naples. Soutenu par la puissante famille Colonna, Le Caravage tente d'obtenir la Grâce de l'Église pour revenir à Rome. Le Pape décide alors de faire mener par un inquisiteur, l'ombre, une enquête sur le peintre dont l'art est jugé subversif et contraire à la morale de l'Église.